Можно я немножко понекропощу?:3
В общем, ИМХО, фамилии все же имеют место быть, на что и в мультфильме куча ссылок. Эйпл и Орандж фэмили, мистер и миссис Кейк, etc. Просто они во-первых не всегда упоминаются вместе с именем, а во-вторых не всегда соответсвуют канонам повседневности. Например Эпплджек и Эпплблум. Фамилия в данном случае ставится префиксом имени, отражающим принадлежность к конкретной семье. Полное имя того же БигМака запросто может быть Апплмакинтош, но из за непростой фонетики его срезали и префикс-фамилию заменили префиксом-погонялом :-).
Склонен думать, что аналогично дела обстоят и у Флаттершай. Т.е. зовут нашу очаровательную стесняшку как раз таки Шай, а Флаттер - префикс-фамилия. Мы ведь не знаем ее родственников: возможно, робость для них - фамильное, как, например, яблоки для ЭйДжей.
Что до Рэрити - ее фамилию нам просто не называют, но очень похоже, что она таки Рэрити Белл, ибо они со Свитти - сестры и очень похоже что таки родные.
Остальные главные героини в разьяснениях не нуждаются, там с теорией о наличии фамилии все и так ясно и понятно.
Имена даются поняшам при рождении: в The Cutie Mark Chronicles поняши без кьютимарок уже известны под своими "финальными" именами (Ну, как минимум за Рэйнбоу и Флаттершай я по памяти ручаюсь). Так же очень похоже что пони-девочки так же меняют фамилии после замужества (см. опять же Кейков, или Оранджей).