Как пройти вторую часть без потерь? Просто.
Во-первых, вы должны выбрать кем вы будете: парагоном или ренегатом? Качать нужно только одну ветку. Всегда и почти везде.
Во-вторых, не торопитесь лететь доставать систему "свой-чужой" жнецов. Сначала соберите всю команду, прокачайте парагона (или ренегата) и выполните все миссии на лояльность. Качать репутацию лучше всего с ДЛС, но я умудрился и без них. Прошел только "Властелина".
В игре есть два конфликта между сопартийцами: Тали vs Легион и Джек vs Миранда. Оба активируются после выполнения их миссий на лояльность. Сделав лоялти у Миранды и Джек, Джокер попросит вас спуститься к ним и разобраться. Можно принять одну сторону или помирить обе. Если вы приняли одну, то, после этого, срочно идите к обиженной стороне и извиняйтесь (или потребуйте сохранять субординацию, например мой Шепард отчитал Миранду за недостойное поведение, сказав что она ведет себя как ребенок).
После выполнения лоялти у всех персонажей и прокачки репутации, вам нужно поспрашивать у всех сопартийцев улучшения для Нормандии (все, от двигателей до дробовика для Грюнта). Улучшив Нормандию и снаряжение вы наконец можете отправиться за системой "свой-чужой" на разрушенного жнеца. Там вы найдете Легиона. Теперь у вас есть возможность посетить всего одну планету\миссию, поэтому летите выполнять миссию для Легиона. После нее у вас опять будет ссора (Тали vs Легион). Схема ее решения та же что у Джек с Мирандой. Вы должны их примирить.
Кто что делает на базе коллекторов:
Гаррус - командир (оба раза)
Тали - техник (она идет в вентиляцию)
Самара - купол.
С выжившим экипажем (выживает он только если отправиться на омегу 4 сразу после похищения) посылаем опять же Тали.
Так я проходил и так у меня все остались живы.