Вообще через предопределение структуру мира объяснять неинтересно, потому что им можно объяснить всё. Так что я придерживаюсь отсутствия предопределения, исходя из которого многие вещи становятся более интересными, но особых противоречий не появляется.
Про пророчество о НММ.
Оно ненастоящее. Если там имелась в виду действительно вечная ночь, то оно попросту не сбылось, а если там было только про "НММ вернётся и нагадит", то грош цена ему - это и так понятно из соображения отсутствия вечных заклятий.
Про кьютимарки.
Воздействие кьютимарки на пони психологическое - пони просто следует ей [как M6 следовали в Magical Mystery Cure], потому что все так делают, но вовсе не обязана ей подчиняться по предопределению. Между прочим, пони считают, что предопределение существует (Cutie Marks Chronicles), что вполне объясняет силу этого психологического влияния.
Про имена.
Пинки раньше звали Pinkamena Diana Pie, а сейчас её все зовут просто Pinkie Pie. Есть основания полагать, что у Шайнинга тоже раньше было другое имя, т.к. он брат Твайлайт, а общих частей имени нет. А если имя изменяют во время жизни, то какое это предопределение?
Про Пинки-чувство.
Оно относится к близким во времени событиям, так что Пинки может просто чувствовать причину этих событий (как Дискорд чувствует колебания магии), и исходя из этого делать прогнозы о том, то они произойдут.
Про Соник Рейнбум.
В момент той Радуги элементы гармонии (вероятно, в лице Дерева) выбрали себе новых носителей, и они получили кьютимарки, в том числе и Твайлайт - символ главного элемента. Селестия ранее видела Дерево, так что она сразу всё поняла, и не исключено, что Mane6 оказались в одном городе по её инициативе, а не потому что так было предопределено.
Про Time Paradox.
Thank you, M.A.Larson!
Селестия подозрительно хорошо знала обо всём - уж не она ли создала всю эту ситуацию, дабы Твайлайт получила очередной урок? Одноразовое заклинание времени выглядит как что-то специально подставленное, а настоящее заклинание времени было прочитано извне, чтобы создать эту ситуацию.
Про Дерево.
Это, пожалуй, довольно тёмный вопрос, что Дерево из себя представляет - думаю, нам это ещё объяснят. Похоже, что Дерево разумно, Дерево знает о многом из происходящего в Эквестрии, но Дерево не всесильно. Не исключаю, что именно Дерево определяет кьютимарки, но не вижу явных доказательств того, что Дереву известно будущее (Если что, Тирек к моменту появления сундучка уже сбежал).