ИМХО, на основании уже созданной части сериала нельзя точно определить наличие или отсутствие у пони веры в бога. Конечно, есть Селестия, вполне могущая претендовать на эту "должность" и, наверное, Луна (сестричка однако), но принцесса-солнце избрала путь правителя, а не Божества, ведь известно что Бог не может править напрямую, тем самым сблизившись с народом. Возможно, бэкграунд веры нам просто ещё не показали, а возможно он и не задумывался.
Ну, думаю возможны 3 варианты дальнейшего развития событий:
1)В сериале открыто показывают пони-религию, которая сразу же становится каноном.
2)В сериале открыто показывают отсутствие пони-религии, что так-же с радостью принимается фанатами.
3)Сериал продолжает молчать, каждый брони выбирает ему приглянувшуюся версию и верит её, но изобилие чая и кексов предотвращает споры на тему "чьи яйца круче". Profit! XD
P.S.Тов. Ленин, где это вы такую аватарку скоммуниздили, сайтик не подскажете? =)