Как я понял, вопрос в том, каков механизм появления кьютимарки.
Из яркой бешенной расцветки поней делаем вывод, что их окрас определяется не так как у нормальных млекопитающих - то есть не одним пигментом, а смесью минимум из трех-четырех, как в печати. Поэтому окрасить кусок шерсти в виде картинки принципиальной сложности нет, разве что это будет не моментальный процесс.
Как же тогда объяснить внезапность появлению кьютимарки? В момент, когда поне получает марку, выпадает шерсть на крупе и обнажается уже проступивший несколько ранее рисунок. То есть если состричь шерсть у пустобока, можно увидеть кьютимарку в момент образования, но закрепляется конечная марка только после "момента озарения".
Сам рисунок довольно схематичный, так что это явно не то, что пони видят. Это визуализация какой-то более абстрактной идеи, которая захватывает примитивный мозг маленького поне.
А на самом деле - это просто магия!