Настоящий атеист - это который не верит в бога. То есть ему совершенно пофиг, что будет с его телом после его смерти. Если сам атеист не распорядился иначе, с его телом родственники могут делать, что хотят. Другое дело если наш атеист - еще и антиклерикал, и тогда он должен заранее позаботится о своем теле.
Короче, единственная проблема тут получается, если родственники нарушают волю покойного. Если нет, то с точки зрения атеиста пофиг, что будет с его телом.