Ох, братья, ну у вас и вопросы.
Лира и Бон-Бон часто появляются на экране вместе. В Swarm Of The Century они явно обедают вместе. Считается, что в каноничном варианте они близкие друзья. Фанаты идут ещё дальше, потому что, если есть два пони, то про них может быть шиппинг. Таким образом, в фанатской среде уже твёрдо считается, что они - однополая пара. В рисунках и историях часто изображается, что они живут вместе, целуются, делают другие вещи, даже дочь в некоторых произведениях у них есть. В принципе, очень милая пара. Когда это всё появилось? А какая разница? :)
Единого источника у этих представлений нет. Каждый автор привносит что-то своё.