Элементами завладели гораздо раньше событий флешбека (место Элемнтов - на дереве, никак не в "планетарном механизме" под полом, да об этом и сама Селестия говорила). Насколько раньше - отдельный вопрос, ответ на который сможет дать тот, кто подсчитает промежуток между усмирением Дискорда и "рождением" Найтмер Мун.
Если брать аналогию с организмом, то тут все немного упрощается - мир, как организм, может болеть сколько угодно. Но не умирать, а то история, собственно, кончится. Судя по всему М6 и ещё некоторые персонажи являются "внутренними органами", которым ну никак нельзя "выходить из строя" вне графика, иначе смерть.