Теория 1. Мир (в котором расположилась Эквестрия) - это огромный и сложный космический корабль, способный поддерживать экосистему планетарного масштаба. Возможно, что он был создан не из-за катаклизма, а с целью исследования глубин космоса или в качестве феноменального эксперимента. А местные Солнце и Луна - являются спутниками этого мира, орбиту которых необходимо периодически корректировать.
Раньше движение светил (а также смена погоды и сезонов и что-либо ещё) регулировалось автоматическими системами, однако вследствие чего-то эта система стала неработоспособной, и поэтому всё теперь надо делать вручную (вкопытную?). Может быть Дискорд однажды заполучил админские права над планетарной системой и похачил там чего-то по незнанию или ради лулзов?
А в Вечнодиком лесу сохранились кое-какие резервные системные мощности, отчего там всё продолжает работать автоматически.
Теория 2. Магия разумных существ негативно отражается на естественных процессах, вызывая различные "сбои" в таких законах мироздания которые сбоить не должны. В том числе местное Солнце уменьшилось до размеров не превышающих размер планеты и стало спутником. А в Вечнодиком лесу законы природы не сбоят, так как там никто не живёт и магией не пользуется. Получается замкнутый круг, так как из-за его свойств в него никто и не стремится. Как только его заселит некое критическое число поней, он свои уникальные свойства растеряет.