Эволюция + магия! Поехали!
Первобытные пони были сильно подвержены магической энергии, находящейся в окружающем пространстве.
Одни их них, у кого никак не компенсировался избыток магической энергии, по сути "выгорали", зачастую не успевая оставить потомство.
У других компенсация вызывала изменения, мешающие или как минимум не помогающие в выживании вида. Как вариант, это мог быть некий протоорган, просто накапливающий излишки магии. Они бы вполне могли выжить как вид, если бы не...
Третьи, у кого магия перераспределялась в положительные конкурентные преимущества. Возможно, таких "рас" первобытных пони было множество, но наиболее приспособленными (и дожившими до известного нам времени) оказалось три вида:
способные преобразовывать магию в стойкость и силу а так-же в тонкие мистические способности (вроде связи с землёй, ясновидения и иных) земнопони;
впитавшие магию в качестве ловкости, скорости, особого взаимодействия с воздушной стихией и дополнительной пары конечностей пегасы;
и приспособившие магию к увеличению умственных способностей а также вырастившие специальный орган, способный испускать магию в окружающее пространство единороги.