Лично я думаю, что Селестия и Луна все же не обладают божественным происхождением, учитывая тот факт, что они о многом в мире пони не знают (скажем та же Селестия прожив тысячи лет ничего не знает о параспрайтах), да и их способность поднимать луну и солнце не так уж очевидна (во многих сериях они часто пропадают, но движение светил при этом продолжается без них). Скорее Селестия и Луна маги отточившие свое умение до мастерства и в один момент решившие выйти на бой с одним из духов обитающих в Эквестрии, а именно с Дискордом.
А вот Дискорд я думаю все таки имеет какое - то божественное происхождение как Шеогорат из The Elder Scrolls, и является своего рода богом хаоса (местного разлива), который по блажи решил избрать в качестве своей резиденции Понивиль (вернее то место на котором он однажды будет построен).
На оба этих высказывания указывает и тот факт, - что принцессы до этого не могли победить Дискорда сами и им пришлось использовать Элементы Гармонии (а что может быть надежней для противостояния хаосу?) - артефакты тоже судя по всему из какого-то природно-божественного источника (явно не ими созданного). Ну и разумеется это видно по тому как они победили Дискорда, - они же его не убили не изгнали в другое измерение или еще что, а просто превратили в камень, видимо даже с Элементами Гармонии у них не хватило сил убить кого-то более могущественного чем они, и поэтому ограничились только его племением.