По моему, пегасы, пони и единороги все же один биологический вид. Ибо их фенотип очень похож (т.е. выглядят они почти одинаково), и большинство ничего не знает о других похожих видах копытных (только начитанная Твайлайт опознала в Закоре зебру).
Теперь о генетике. Если они один вид - скрещивание возможно. Сразу заметно, что гены рога и гены крыльев антагоничны, ибо в сериале мы видим всего 2 пони из редкой генетической линии, в которой их смогли примирить. Это Селестия и Луна. Не ясно какая группа генов в данном случае доминантная, т.е. кем может быть ребенок пегаса и единорога? Чтобы разобраться с генетикой, нужна перепись населения Эквестрии, после которой можно будет приблизительно сказать, какие гены над какими доминируют.