Раз уж меня навели на эту тему, напишу свои пять копеек о биологии поней. Думаю рассуждать о генетике бессмыслено на основании имеющихся данных, поэтому тут будут более общие соображения.
Итак, рассмотрим пони как естественно развившийся биологический вид (мне самому больше нравится СПГС о их искусственном происхождении).
Что мы имеем? Морфологически очень различные, объединенные под началом также морфологически выделенных особей, но тем не менее составляющие один вид существа. Кроме того, каждая раса пони очень специализирована, и все они зависят друг от друга.
Я считаю, что такое сообщество не могло появится в результате эволюции отдельных существ. При свободном размножении, "гены аликорнов" просто захватили бы весь вид. При географическом (или ином) разделении, которое помешало бы аликорнам захватить вид, расы пони разделились бы на разные виды. Помните, что в рамках этой теории пони не появились из ниоткуда, а развивались миллионы лет.
Биологическое устройство социума пони напоминает больше всего муравейник или пчелиный рой. Там есть специализированные бесплодные рабочие и матка, которая занята только воспроизводством. Рабочие могут очень сильно различатся морфологически, это регулируется не генами, а средой. По сути, муравейник - это один организм.
Конечно устройство общества пони сильно отличается от устройства муравейника. Самое главное - пони не являются клонами. Принцессы не заняты напрямую воспроизводством. Но не надо забывать, что мы имеем дело с магическими существами, и именно магия играет роль среды, оплодотворения и всей этой химии для выращивания и размножения разных рас пони. Магия тут не является чем-то непознанным, она просто позволяет перенести грубые детали жизни в "астральный план" детского мультика.
Аликорн, как мы уже видели, появляется из обычной пони путем магической инициации. Рождение новых жеребят завязанно на принцессу, она должна магически участвовать в зачатии (пусть это будет Кэйденс, с ее лучами любви из башни Кристального замка. Для полноты картины конечно у всех принцесс должен быть "излучатель любви". Ну допустим, они делают это по очереди :-)) Раса жеребенка определяется из соображений гармонии, тоже через магию принцесс.
Если людской социум можно сравнить с раковой опухолью, разрастающейся стихийно и поглощающей все доступные ресурсы (в этом нет ничего плохого, такова природа), то социум пони - это организм живущий по законам гармонии.
Главный вывод: расовые различия пони определяется не генетически. Остальное тут - фантазии на тему, как именно.
Слава Селестии!