В случае с Аликорнами мне всегда почему-то вспоминается происхождение Бога-Императора.
Допустим, Дискорд захватил власть в Эквестрии, и никто не смог ему противостоять, даже самые продвинутые единороги. Тогда мудрейшие и сильнейшие в плане магии единороги могли собраться вместе и, посовещавшись, скастовать заклинание, вложив в него все свои силы, чтобы родились Селестия и Луна. В это время баланс магии, который, возможно, существует, мог сдвинуться, дав сестрам могущество большее, чем у остальных единорогов вместе взятых.
Имеется у меня и другая догадка: Аликорны появляются из ниоткуда во время великой опасности, дабы восстановить гармонию, но это более скучная версия.