Я еще не досмотрел 4-й сезон, но мне кажется что у Селестии большие планы на Твайлайт. Она еще на вступительных экзаменах увидела в ней большой потенциал и взяла под личный контроль. Обучала, присматривалась. Потом отправляла на различные задания. Сделала аликорном.
По-моему, похоже на отношения Дамблдора и Гарри Поттера, возможно Твайлайт предназначено остановить какого-нибудь очень могущественного злодея, а Селестия все это время подготавливала её.