Ой, что сейчас буудет...
1. Мир Эквестрии -- это некая сшивка реальностей. Вспомните тот-же вечнодикий лес, в котором законы отличны от Эквестрии (облака сами по себе движутся...). Светила у разных реальностей - свои, либо правители каждой страны договариваются кто когда ими пользуется. Т.е. когда Селестия опускает Солнце, она передает его другой няше. Так же, многие реальности отгорожены неким магическим барьером. Так что возвращение НММ или хаос Дискорда распространялся лишь на одну страну.
2. Аликорны - это полноценный четвертый вид поней. В время сказки они жили где-то далеко, в другой реальности.
3. Когда-то, давным-давно, пони-путешественник забрёл к аликорнам. Или аликорны пожаловали на Протоэквестрию, что бы предотвратить какую-то катастрофу, к примеру. Но не суть. Дело в том, что состоялся недолгий контакт протоэквестрианцев с аликорнами.
4. Аликорны, видя раздор среди пони, не захотели иметь с ними дело, потому что желали, что бы те самостоятельно научились мирно сосуществовать и вообще познали магию дружбы.
Вспомните политику Селестии по отношению к мейн6. Как и в случае с НММ, так и в случае с Дискордом, она намеренно отходила в сторону и не вмешивалась, дав возможность поням самостоятельно разрулить ситуацию и научится новым штукам.
5. Но память-то о встрече осталась! Неправильные цвета на флаге -- результат испорченного телефона, которым передавались первые предания. То-ли письменности у поней не было, то ли понь, который переписывал схалтурил, не важно.
6. Когда всё устаканилось и три вида начали мирно жить, в Эквестрию пожаловали Принцессы. Я думаю, что случился кризис управления. Пони наплодилось так много, что управлять ими стало сложно. Да и начались стычки среди пегасов за право поднимать светила. Принцессы переняли на себя основную власть и всем снова стало хорошо.
7. Очень вероятно, что и в других реальностях существуют свои правители-аликорны.
Хотя стоп.
А что, если аликорны -- это некие духи, которые принимают форму народа, которым управляют?
Мне кажется, этот вариант имеет право на существование, но не суть.
8. Виндиго свалили, ибо еда пропала, ведь пони научились жить в мире. Ну или лошадок вывела Селестия.
9. Виндиго - побочный продукт вредеятельности Дискорда. Он тусил где-то далеко, но творения пробрались в протоэквестрию.
Вот.