Я считаю аликорны могут быть вне земными существами пришедшими из космоса и от взаимодействия с земными пони произошли другие виды, просто одни получили магию, а другие крылья и способность управлять погодой. Сейчас известно всего 2 аликорна, но это не факт что не было и других