Ну про мозжечок(поправьте, если вру) не факт, он как бы развит практически одинаково, ибо у человека он развит не слабее чем у птицы, так как жизнь ведет он почти в 3D мире.
Про сами полеты можно сказать одно-хасбры не задумывались когда рисовали мульт, и строить теории зная что многое в этой теории очень противоречиво внутри самой теории не рационально. Можно предположить что планета эквестрии мала и гравитация там тоже не большая.Но если смотреть с какой скоростью пони падают то видно, что g там такое же как и наше.Есть вариант что они за счет магии летают, он пока что самый верный.Про анатомию странно выходит, крылья крепятся откуда-то не оттуда, то есть из-за пропорций головы их будет вперед опрокидывать, да и вами крылья не имеют должной опоры, а еже ли и имеют то скелет выходит тяжелым.