Слышал что братья Вачовски задумывали совсем другую концовку Матрицы, но впоследствии отказались в пользу той что была отснята. По изначальному замыслу Зион был частью Матрицы, и никто никогда от нее не отключался. И вся война с машинами была просто частью программы.