Видимо у них язычество с реальными богами, такими как Селестия, Луна, Дискорд и иже с ними. Опять же когда то Селестия просто возила солнце по небу. а пони жили в группах по расовому признаку и тоже в нее верили. Как верели и в Луну в 2 лицах. Есть мнение, что это не единственная религия. Например зебры. Зебра из сериала (гуглить имя лень) больше похожа на природопоклонницу. Не известно как обстаят дела в других королевствах. Вообще религия в сериале не представлена явно, но все знают что Селестия может все, всех защитит, или накажет. В сериале она главный бог пантеона - тем самым никто не сомневается в легитимности ее власти. Так что возможно, что селестия выставила себя богом, что бы сохранять власть. Во что же верит сама Селестия - загадка