Принцесса Селетия и Луна, - светские фигуры а не релегиозные. Просто за тысячилетие (а может и не одно) их существования их упоминания в разговорных выражениях заменили ранее имеющиеся упоминание Б-га. По этому обращения "О, Селестия..." вполне нормальны. Понятие Б-г несомненно существует\существовало в мире пони, но со временем за ненадобностью почти полностью покинуло обиход поней. Вспомним первую цивилизацую Сида Мейера. Постройку Храм - открывала технология "Церемония Сожжения" - иначе говоря, похоронный обряд. В сериале данный эпизод не разу не был показан, но исходя из доброты и дружбы показанных в нём - можно сделать вывод что пони переживают за своих ушедших родственников и друзей. Ну не бросают же они их на произвол стервятникам? Следовательно имеют похоронный обряд, а раз имеют обряд то имеют и представление о религиозности. Пускай в основном оно заключается в моральном кодексе а гармонии с собой с миром и с природой и не разу не подразумевает наличие Б-га как высшей силы.
Религиозность в мире пони есть, а как она выглядит можно долго спекулировать, канон не даёт ни одной сильной зацепки.