Хорошую тему оживили)
Мне кажется что проводить аналогии и искать корни вдохновения авторов - интересно, но это не сильно проливает свет на верования самих пони в рамках созданного авторами мира.
Вообще, на мой взгляд религия, как институт, не очень-то и нужна пони - ни как система контроля, ни как система сдерживания "скрытого" насилия и вывода его за пределы сообщества, т.к. их общество достаточно стабильно
Думаю, что Селестия не является для пони божеством в прямом понимании этого слова, да она стоит выше остальных, и остальные это понимают, но это не придаёт ей божественный статус - к ней относятся именно как к матриарху (или , как было сказано выше - фараону). Страх и трепет перед ней пони испытывают тем сильнее, чем дальше находятся от её ближайшего окружения - страх и невежество, как правило, идут бок о бок даже в сказочных мирах.
То, что было показано в первых сериях, про двух сестёр, которые управляют сменой дня и ночи, мне в большей степени представляется пересказом попытки описать окружающий мир какого-то отдельно взятого пони, возможно учёного древности - не даром этот рассказ представляется зрителю в виде иллюстраций к некоей книге.