Разумно предположить, что фамилий в том смысле, в котором их понимаем мы, у пони нет. Они им не нужны. У нас фамилия есть потому, что иначе в паспорте прочерк будет, а у пони паспортов не водится и законов тоже не видно.
Скорее вместо фамилий у них может быть (но не обязано) какое-либо семейное "погоняло" или "типичный префикс к имени", например, связанный с профессией, если образ этой семьи, как работников соответствующего профиля, устоялся. Эпплы все яблочники, вот и называют себя Эппл-как-нибудь по традиции.
У людей из таких "прозвищ" и "традиций" в дальнейшем выросли фамилии. У пони тенденций к такому развитию может не быть, и они постоянно находятся на "предфамильном" этапе.
Кроме того, это в маленьком мирке пони просто удобно для авторов :) Можно характерной семейке дать префикс или говорящую фамилию, можно не давать, и т.п.
upd: Но в пони-городах ("большом мире пони"), про которые мы знаем немного, всё может быть несколько иначе. В условиях некоторой отстранённости, когда никто может не знать, кто ты, но может принять рекомендацию "чья ты".