Двигают. Нам неизвестно о строении Эквестрийских солнца и луны, так же как и о том, что изучает местная астрономия, как ведут себя прочие планеты их системы, и прочее, но прямая зависимость смены дня и ночи от наличия принцесс бесспорна. Может они и не сами управляют движением светил, а лишь дают магический толчок и наделяют энергией для движения на день, а дальше дело идёт на автопилоте.