На правах имхо:
1) Кьютимарка не определяет судьбу пони в прямом смысле, но и получить какую-либо другую кьютимарку нельзя. Все потому что кьютимарка отражает внутреннюю суть пони, а она, не считая общих штрихов характера, неизменна. Нужная рано или поздно проявится, обстоятельства приобретения могут быть разными. Аргументы: во всех альтернативных вселенных, показанных в двухсерийнике, кьютимарки М6 не отличаются от "нормальных". Слова Твайлайт относительно того, что Пинки не ушла бы с фермы, Эпплджек не полюбила бы свою, а Флаттершай не обнаружила бы дар общения со зверятами, на самом деле всего лишь догадка, причем опровергнутая. Например, в первой альтернативе Эпплджек и без Рейнбума вернулась на ферму, Флаттершай стала работать со зверушками и т.д. Кьютимарку Пинки не показали, но прямая грива ей не противоречит. То, что судьбы М6 каждый раз складывались по разному с учетом неизменности кьютимарок доказывает, что метки на жизненный путь не влияют. Они скорее индикатор.
2) Возможно, в показанных альтернативах сложились свои собственные носители элементов, на что может косвенно указывать присутствие Луны в королевстве Дискорда. Вероятно, местные носители смогли вернуть Луну, однако Дискорду удалось взять над ними верх. Может, и настоящая М6 в каком-либо из вариантов смогла бы сложиться, но слишком многое было бы упущено, и слишком многое пришлось бы восстанавливать.
3) Даже если не принимать во внимание отсутствие Твай во всех альтернативах, есть догадка, что с Твайлайт что-то явно не в порядке по крайней мере в одном из вариантов будущего. Именно - во мире Кризалис. Королеву чейнджлингов остановили не с помощью Элементов, а во многом благодаря усилиям одной только Твайлайт, которая и выпустила Кэйденс (которую, заметим, знала еще до экзамена). Если Кэйденс осталась в подземелье, то Твайлайт вряд ли присутствовала на свадьбе, однако брат не мог ее не пригласить. Значит, Твайлайт либо отправилась в далекие края постигать магию, либо, что тоже возможно, умерла.