А откуда поп вообще узнал, что усопший - атеист?? О_о
С отпеванием вопрос интересный, кстати. И неоднозначный. И даже, вроде, не совсем оффтоп.
Я бы, например, тьфу-тьфу-тьфу, был бы не против, если бы гипотетически верующие родные после моей смерти совершили весь подобающий с точки зрения их веры, церемониал - отношусь ко всему этому достаточно спокойно, мне, действительно, уже пофиг, а если им - остающимся - от этого легче и поможет хотя бы немножко смягчить их горе, то пуркуа бы не па??
С другой стороны, если человек выражал своё однозначно-негативное отношение ко всему этому, был действительно убеждённым (или, тем более, воинствующим) атеистом, то, конечно, не стоит - просто из уважения к покойному, который своих взглядов с позициями отстоять уже не может.
З.ы.: общие рассуждения без привязки к конкретно описанному случаю.