Теория афгана с балансом выглядит здесь наиболее логичной. У Элементов есть два типа заряда: текущий и накопленный. Первый - доступ к мане всех живущих сейчас пони пропорционально дружбомагичности оных. В момент удара она концентрируется в одной точке, и выходит довольно-таки мощно. Второе - запасы самих духов, которые им дают те же самые пони теми же самыми мыслями, но пассивно. Когда зло набирает силу, текущий заряд уменьшается, и приходится использовать накопленную энергию, что приводит к ослаблению духов и уменьшению их влияния в дальнейшем.
Духи элементов разрядились на Тирека, Дискорда и Сомбру, а Найтмэр ударили тем, что имелось в наличии - эмоциями отходящих от хаоса эквестрийцев. Но и НММ была последним ударом зла. Так что из-за энергодефицита с обеих сторон никто не помер, а радиоактивные отходы были просто упрятаны подальше, пока не появится возможность их утилизировать. Через 1000 лет мира появилась.