Здесь все очень просто если расматривать со стороны генетики.
Есть эпигенетические факторы, часть которых есть только у женщин. Например как 3 цвета у кошек(трехцветых котов не бывает). У пони есть три признака, пегас, земной и единорог. В случае с аликорнами все три фактора проявляются одновременно, что возможно только у женщин.