Конфликт - распространённая вещь в рассказах. Но это шаблон не конкретно фанфиков, а литературы в общем.
Многие сюжеты проистекают из несовпадающих интересов, что по сути является конфликтом.
А про попаданцев...
Во первых, будет ли считаться попаданцем существо, попавшее в Эквестрию известным в ней способом?
Во вторых - технически от попаданчества избавиться весьма просто. Заменить пришельца из других миров существом с другого конца мира пони.
А если мы будем отметать рассказы с "гостями из дальних земель" - мы выкинем большой пласт тем, хотя бы международные отношения.