Животные, о которых заботится Флаттершай, вполне себе добрые. Их вряд ли можно назвать на сто процентов разумными, но всё же они достаточно умны, чтобы понимать чего от них хотят.
Из разумных выше уже назвали зебр и бизонов. Грифонов я бы тоже не стал называть совсем уж злодеями, Гильда - маленькое исключение. Грифоны участвуют в Эквестрийских играх на равных с пони, а значит, их туда допустили (в отличие от драконов). Был грифон и в серии с конкурсом тортов (вроде, у него была даже роль со словами) - тоже ничего злого я в нём не заметил.
Опять же бризи, от которых все почему-то плюются.
И это далеко не все существа. Если повспоминать, можно ещё несколько рас найти.