Выскажусь я на этот счёт...
Как известно, Селестия и Луна живут уже больше 1000 лет. И вводили в недоумение меня всегда их пропорции: морды более подходящие для коней, более высокий рост. В 3-ем сезоне можно сравнить Селестию с правителями Седельной Аравии, которые вроде бы и лошади, с ними её вполне себе роднит рост и морда вытянутая.
В серии про озеро клонирования, одна из "Пинки" показала морду пони из прошлых поколений. Возможно, что раньше(1000 лет) пропорции пони были более приближённым к реальным лошадям. На это вполне себе указывает бюст аликорна из прошлого замка принцесс, причём от Луны и Селестии его отличают относительно маленькие глаза и уши, более выраженная лошадиная морда. Вот из-за того что живут они тысячелетиями и не меняются, выглядят аликорны как белые вороны.
Про Кейденс и Флёр Де Лис точно сказать нельзя:либо они добивались этого искусственно(например, когда к мордочке Дэш присосался стакан, форма челюсти изменилась, а тело тренировали, либо в королевской семье это наследственное.