Я думаю, что аликорны - это воздушные шары для магии. Чем больше в них накапливается магии, тем сильнее их раздувает в размерах. Рассмотрим известных нам аликорнов с этой точки зрения:
1) Селестия - она была такого же роста и 1000 лет назад, так что можно сказать, что она достигла максимального возможного размера и магической наполняемости для аликорна ещё очень давно (видимо у натуральных аликорнов этот процесс идёт быстрее).
2) Луна - она всегда была на одну стадию развития меньше Селестии, поэтому её рост был ниже. Но во время найтмеризации в неё поступило запредельное количество тёмных сил (Тартара?), которые и увеличили её рост. После исцеления, все аликорновские силы были забраны у неё, так что она приняла вид обычной пони. Теперь она снова в процессе наполнения.
3) Кризалис - случай отдельный. Я считаю, что в её случае - это всего лишь биологическая особенность.
4) Кейденс - как я думаю, искусственные аликорны наполняются медленнее, так что за всё время бытия аликорном, принцесса любви прибавила в росте лишь незначительно, достигнув высоты просто высокого пони.
5) Твайлайт Спаркл - мы уже видим, как она начала наполняться. Когда её аликорнизировали, был снят тот барьер, который лимитировал "наполняемость магией". Теперь она вся удлиняется под воздействием капающих в неё сил аликорна.