Хоть я и смотрел сериал уже достаточно давно (уж скоро год:), но могу с уверенностью заявить, что в обеих сериях имя Кризалис произнесено не было. Сама себя она изначально позиционировала как "королева перевёртышей", а после, все обращение к её персоне были на "ты".
Что по поводу ударения: тут вопрос действительно сложный. Формально, у заимстванных слов ударение обычно не меняет своего местоположения, хотя такое и возможно (и есть прецеденты) поскольку, следующий пункт № 2 заключён в том, что в большинстве слов русского языка нет установленой единой нормы постановки ударения. И хотя КризалИс мне режет слух своей непривычным звучанием, но, поскольку это слово французкое, а в одиночных словах фр.языка ударение ставится на последний слог, то формально, было бы правильным ставить ударение именно там.