А если предположить, что у пони есть как личное имя (одно или два слова, непринципиально), так и имя семьи? Что-то вроде Вася из клана Грозных псов.
Но при этом в личное имя не входит имя семьи, т.е. имя семьи - не фамилия.
Получается, есть семья Эппл. Ее члены: Биг Мак, Эпплджек, етц. У каждого пони - личное имя, по которому пони можно успешно идентифицировать, имя семьи не упоминается нигде. (Яблоки в начале имени - по идее, просто традиция, как у уважающей себя большой семьи, следовать ей необязательно.) Но при этом вне зависимости от их имен, пони - члены клана\семьи Эппл. Главу семьи (а, может, и других ее членов), по идее, можно называть мистер\миссис Эппл.
Это объясняет и Кейков. Может быть, им имя семьи больше нравится, чем собственное, может, они последние такие остались в семье - да что угодно. Имена детей...хм, тут два варианта: либо просто Пампкин (из-клана-Кейк), либо Памкин Кейк (из-семьи-Кейк). (Как англичане иногда дают ребенку в качестве второго имени имя отца\матери, так пони могут давать имя семьи, как часть личного имени)
И, по идее, основатель семьи может, наоборот, дать часть своего личного имени в качестве имени семьи. Возможно, прапрапрадеда Эпплов звали просто Яблоко. Ну или (Какое-нибудь) Яблоко.
Тогда Рэрити, Свити Белль, Твайлайт Спаркл, Луна, Селестия и тд - это все просто личные имена, а фамилий тут нет.
Если Твайлайт называют мисс Спаркл, возможно, название семьи - тоже Спаркл.