Я бы переложил на пони-лад кусок мифологии StarGate)
Мол, давным-давно, задолго до появления первых нынешних пони жила в далёком-предалёком краю невиданная раса аликорнов. Они обладали продвинутым интеллектом и впоследствии создали элементы гармонии. Но были среди их народа и несогласные (возможно, прародители нынешних злодеев, а то и они сами), которые всеми силами старались им помешать. В результате раздора наши древние-аликорны покинули свой дом и отправились на поиски нового (Equestria, как один из них), где они нашли новую жизнь (Earth ponies), остались жить среди них. Из-за такого сожительства появились полуаликорны - пегасы и единороги. Потом по большей части аликорны перешли на новый план существования (вознеслись), а древние знания понемногу растерялись, элементы забылись вплоть до поры прихода Селестии и Луны.