А что если все эти клоны это не какие-то сущности, живущие в озере, а само озеро? Озеро - живое существо, обладающее высокоразвитым разумом, а появление клонов можно интерпретировать как неудачную попытку выйти на контакт с пони. Сами клоны, скорее всего, являются не полноценными живыми существами, а просто копиями. Они могут иметь иную внутреннюю структуру, нежели пони. Поэтому единственный надежный способ избавиться от клонов - подобие аннигиляции, что Твайлайт нам и продемонстрировала.
Изначально клоны обладают ограниченным набором черт, присущих оригиналу, но не исключено, что чем дольше они существуют, тем сильнее обособляются. В общем я предчувствую появление огромного количества фанфиков на тему)