Если считать Эквестрию страной - Дискорд появился раньше, по крайней мере, в Эквестрии, какой я себе её обычно представляю. Если называть Эквестрией планету или даже звездную систему, в которой живут пони, то ясно же что Дискорд появился позже Эквестрии.
А вообще вся эта история про Вендиго и глобальное оледенение плохо состыкуется с "Оло-ло-ло Царством Хаоса и Дисгармонии", которое Сестры прекратили, сделав нашего любимого драконикуса скульптурным ансамблем и освободив пони из под его гнета. ИМХО, это либо две разных версии происхождения Эквестрии, либо имела место такая последовательность:
1) Пони ссорятся и разные подвиды воюют друг с другом.
2) Между пони начинается междоусобная война, в ходе которой происходит какой-то магический катаклизм, вызвавший гравиатационный резонанс планеты и оледенение той её половины, где живут пони, а также рождение целой новой расы духов холода (появление всех этих чудесных вещей и явлений в следствии простых ссор есть позднейшая полу метафорическая адаптация)
3) Дискорд (который до этого вполне мог все это и спровоцировать) подчиняет Вендиго и начинает "развлекаться", закабаливая мерзнущих лошадок обещаниями наладить нормальный климат или хотя бы помочь им выжить.
4) Диктат Дискорда (вполне возможно, непрямой, а через верхушку пони-прислужников, стоящих за тронами всех трех рас и пудрящих мозги их правителям).
5) Рождение Сестер.
6) Взросление Сестер и обнаружение ими Элементов Гармонии
7) Долгое и печальное махо-седзе на тему того как Сестры гоняют в хвост и в гриву слуг Дискорда и освобождают планету от его диктата.
8) Пафосное сражение Сестер с Раздором. Превращение последнего в памятник имени самого себя.
9) Пони признают Сестер своими правительницами, ибо оные вытащили их из хаотично-обледенелого Ада.
10) Используя объединенные усилия всех трех рас, свой зубодробительный магический потенциал и силу Элементов, Сестры приводят искалеченную биосферу планеты в порядок и выводят её из Резонанса. В той адаптации, которую видели мы, это метафорически отображено в виде прихода пони в новые земли и совместной работы над их благоустройством.
11) Happy End.