Беру свои слова обратно, это довольно изящно, хотя не припомню случая в природе, чтобы представители трех различных (над)форм с такими сурово разными признаками, как наличие дополнительной пары конечностей/рога внезапно начали скрещиваться, более того: если бы не были известны случаи скрещиваний, то пегасов, единорогов и земных пони выдели бы не то что в разные виды, а в разные рода, а пегасов, наверное, вообще в отдельное семейство. Модель хороша, но довольно искусственна, и с легкостью оперирует определяющими для вида признаками. Кстати, вкупе с крыльями у пегасов может иметься другое строение костей и мозга. Сколько лет потребуется для отращивания еще одной пары конечностей, не миллионы ли? Не велик ли разброс? Начальные данные скудны, а ориентироваться на эволюцию человека разумного не стоит, очень уж она пикантна, стремительна и загадочна. В рамках твоей модели придется признать, что пони эволюционируют зело быстро.
Вопрос с Аликорнами лучше сюда вообще не припахивать, а то получаются всякие "589 пони" и прочая, извиняюсь, белиберда. Аликорнов, кстати, в четвертом сезоне обещают 53 штуки, результаты у тебя хотя бы лучше будут. Но Аликорны имеют настолько большую роль, что не надо приравнивать из к "пегакорнам", будто у них тупо крылья и рог, и ничто их более от прочих пони не отличает. Их магия сильнее магии единорогов, все Аликорны - правители. У Селестии грива струится, а это тоже отдельный ген отвечает?
Может, вся эволюция поняш искусственна и проделана внеэквестрийской цивилизацией? Все три формы выведены отдельно, Аликорны - тоже, поодиночке, выстроена кастовая система.