Ок, пофантазируем на тему серъезной генетики. Варианты следущие:
1. Пегасы, единороги и земнопони - отдельные родственные виды. Потомства быть не может. Тут все просто.
2. А тут начинается серьезная генетика. П, Е и З - отдельные расы одного вида, тоесть потомство быть может. В таком случае, я бы предположил кодирование признаков расы отдельной парой хромосом, поскольку признаки складываются в целостный и ярко выраженный фенотип (крылья, рог). Один ген такого кодировать не может (если это не ген типа мастер-контроллер). Причем (не уверен, есть ли такое явление) должна быть доминанция вариаций хромосом в рамках одной пары.
Например: EE, PP, UU - чистые представители рас.
Или же: EU, PU, EP - гибридные кариотипы.
В случае гибридных кариотипов, для однозначной экспрессии целевого фенотипа нужно, чтобы вторая хромосома была лионизирована. Или же, если речь идет не о хромосомах а о мастер-генах, то один из них должен доминировать над вторым, а второй над третьим.
Тогда можно составить таблицу скрещиваний и прийти к выводу, что популяция такого вида должна фенотипически/расово разделиться (если это чистый эксперимент и не действуют социально-культурные и прочие факторы) примерно как: 46% / 33% / 21%. Но на практике так редко бывает.