В этой серии у неё сморщились не копыта, а кожа которая находится вокруг/выше них плюс мокрый мех, точнее волосы из которых состоит этот мех. Плюс возможно так было показано специально что-бы было понятно, такая параллель с людьми куда понятней.
А подковы у них есть. Кроме следов от подков ещё можно услышать характерный звук удара металлического предмета, об что либо. А почему их нельзя увидеть: а) Стиль прорисовки (низкая детализация) не даёт нарисовать корректно. б) Рисовать их некорректно вообще, ну не смориться пони с копытом к которому перекреплена стальная "хрень" которой можно и убить.
А что касается того, что сморщились именно копыта, то это может быть связанно с абстракцией значений слов: Мы тоже говорим взяться за руки, а взяться за кисти верхних конечностей. Вроде подходит. Так что копытом они могут называть и всю ногу.