Интересный вопрос. И своевременный, ага.
Ну, тут можно предполагать два варианта - условно "с чертовщиной" и "без чертовщины". Если проводить аналогию с классическими фольклорными чейнджлингами, то все эти мириады "подданных" Крисалис, её армия - суть не живые рождённые существа, обладающие душой, разумом и волей, в прямом смысле этого слова, а просто "оболочки", сущности, сотворённые Тёмной Королевой, в какой-то степени, "по образу и подобию своему" (при этом, очевидно, использовались копии "деталей" не только пони, но и разных иных существ) и представляющие из себя некий "коллективный разум" а-ля высокоорганизованный рой, движимый разумом и целями Крисалис.
Либо же - банально - это действительно эдакий распространённый типаж расы кочевников-потребителей "а-ля саранча", которые постоянно странствуют и, полностью опустошив территорию и ценный для них вид ресурсов (в данном случае - любовь, эмоции), перемещаются дальше. Другое дело, что в границах планеты они, по идее, должны были уже давным-давно всё (по крайней мере, помимо Эквестрии, если предположить гипотетически, что она - последняя из "несожранных" земель) опустошить . И снова может встать вопрос о факте упоминания/неупоминания их ранее. Но это уже детали.
Происхождение и "motherland" - вопрос открытый.