Когда Луна сменяла Селестию она прилетала из вне Кантерлота. Логично предположить, что она живет не в Кантерлоте, к тому же днем отдыхает - от сюда и отсутствие её на важных событиях в Кантерлоте.
А на счет третьего аликорна - так у них явно пантеон "богов" и помимо олицетворений солнца, луны и любви есть ещё принцессы и вполне возможно они живут, как и Луна, за пределами Кантерлота, потому и не видели мы их ещё.