Мои версии:
1. Дискорд, Селестия и Луна втроем пришли к власти в Эквестрии. Они переписали историю, что до них был бардак и вендиго. Как было на самом деле, уже никому не известно, а все книги, написанные до них, были уничтожены. Это трио хотело создать новый мировой порядок, и стало интенсивно переделывать мир. Потом Селестия и Луна рассудили: "А зачем нам Дискорд?", превратили его в камень, и, разочаровавшись в новом мире, постарались откатить все изменения. Но природа уже была раздолбана, и, то, что происходит естественным путем, в Эквестрии приходится делать искусственно. И снова переписали историю, обвинив во всем Дискорда, и объявив его духом хаоса, от которого они спасли Эквестрию. Позже Селестия рассудила: "А зачем мне Луна, с которой надо согласовывать решения?", и отправила ее на Луну, переписав историю, что Луна -- Найтмер Мун и ужасный враг королевства.
2. Дискорд является редкой разновидностью дракона, который, подобно Спайку у Твалайт, служит Селестии, и один раз устроил ей приход к власти, имитируя захват Эквестрии, от которого она всех спасла, и, второй раз, использовался для тренировки mane6.
3. Изначально Дискорд был статуей, сделанной пьяным скульптором. Селестия и Луна, эксперементируя с магией, оживили его, чтобы посмотреть, что будет. Дискорд вышел из под контроля и натворил дел, и они с трудом поймали его и снова превратили в статую. Но заклинание оказалось неудачным, и случилось то, что случилось.
4. Раньше Дискорд был аликорном, но хотел стать самым могущественным магом, и, разрабатывая зелья и заклинания, повышающие могущество, доэкспериментировался до того, что стал таким вот мутантом. И, демонстрируя свою силу, натворил дел.
5. Дискорда не существует, его имитировали Селестия и Луна, чтобы испытать mane6.
6. Дискорд является подлинным правителем Эквестрии, но скрывает это, и то, что произошло, его баловство, потому что ему иногда хочется пошалить. :)
7. Дискорд является неудачным экспериментом магов прошлого, которые хотели создать его для благих целей. Вот почему он наколдовал облака из сахарной ваты, из которых льется шоколадный дождь, и дорогу из мыла, а не что-то опасное.