Судя по последней серии с этим персонажем в седьмом сезоне наш эксцентричный повелитель хаоса и веселого безобидного сумасшествия является точно тем, кем себя называет, а именно осознающей себя и обладающей видимой и осязаемой (но не факт что живой в нашем понимании этого слова и, вероятно, устроенной совсем не так как тела живых существ) формой персонификацией абстрактного явления. Короче, это мыслящая пертурбация коллективного бессознательного, научившаяся самостоятельно думать и пользоваться магией.

Интересно, что в сериале мы уже видели примеры подобного вида существ, сформировавшихся в ментальном пространстве пони и затем сначала обретших собственное сознание и устремления, а затем попытавшихся проникнуть в реальный мир.

Первой была Найтмэр Мун, захватившая тело Луны.
Вторым - Тантибус, удравший из снов хозяйки, попытавшийся насытиться виной Луны и страхом других пони и набраться сил для побега в обычную реальность.
Третья - Дэйбррэйкер, вот этот вот ходячий ночной кошмар, в серии Royal Problem успешно продемонстрировавший способность к самостоятельным действиям и некоторые магические способности, вместе со стремлением ускакать в реальный мир или посмотреть на него чужими глазами.

А Дискорд, вероятно, был одним из первых подобных духов. Возможно, он появился во времена раздоров между тремя понячьими племенами, привлекшими к ним внимание Виндиго.
Это объяснило бы, почему он захватил Эквестрию уже после того, как оная страна сформировалась, а пони отделались от Виндиго.
Вероятно, основой для его возникновения послужило желание пони трех племен жить обособленно и принудить всех остальных к удобному для себя поведению. То есть, раздор и эгоизм.

Такая версия происхождения Дискорда объясняет, почему он чуть не аннигилировал, когда стал вести себя не так хаотично, как обычно - он пошел против своей природы и попытался отрицать то, воплощением чего и был.

В таком случае, однако, возникает вопрос о том, откуда товарищ берет энергию для своего существования, поскольку, если бы он был чистым продуктом мыслительной деятельности пони, то должен от этой деятельности зависеть, как зависел Тантибус (набиравшийся сил от страха пони и спекшийся после того, как Луна простила себя).
Вероятно, товарищ где-то нашел долговечный и мощный источник магии, позволяющий ему существовать независимо от мыслей и чувств пони и делать все то, что он может в сериале.
Лу-лу