Пусть и заезженное, объясняющая одновременно и все и ничего - магия. Вряд ли у кого-то есть сомнения, что пегасы летают благодаря магии, а не подъемной силе крыльев, а крылья только "рули". Аналогично и радужный\облачный\дымовой и прочие шлейфы, высокая ударопрочность: вписаться на огромной в скорости в гору и выжить без пассивного магического прибабаха, всегда включенного и неконтролируемого. Самым ярким примером пассивной магии является Кьютимарка.
Происхождение этих спеллов? Вероятно, и возможно это относится и вообще ко всей природы эквестрианских пони целиком, это результат направленной деятельности выдающихся индивидов древности - банальная эволюция не дала бы шанса на существование подобных существ, если их полностью лишить всей магии, включая пассивную (наверняка их очень большие глаза под защитой комплекса способностей, защищающих их от повреждений и банальных соринок, не забываем про околокопытный телекинез и прочее).
Так что облака вероятно вполне себе водяные (кроме тех что делал Дискорд), но врожденный спелл на хождение по ним у пегасов есть (ну плюс есть кастуемый единорогами спелл)