Чтож, тогда креационизм нельзя исключать, хотя без него, опять же, интересней. Например, может это как-то связано с устройством мира насекомых?
У многих колониальных насекомых развита иерархия, в которой от ступени иерархии зависит не только социальный статус, но и физическое строение. Это объясняло бы очень многое, например, уже, наверно, заезженную тему, почему среди пони мало жеребцов. Ведь у тех же пчёл и муравьёв основную работу выполняют особи женского рода. Хоть у насекомых рабочее множество обычно бесплодное, но, чем эволюция не шутит, это могло просто исчезнуть, тогда же и роль матки пришлось отложить, и аликорны остались просто более сильными в магическом и социальном плане особями, достойными именоваться принцессами. Ну, с разделением на пони, пегасов и единорогов в этом плане и так понятно, это результат социальной расслоённости насекомых. После появления способности к размножению у всех особей, так как все они принадлежат к одному виду, у них появилась и возможность к родству всех трёх рас (или каст), такое, какое есть сегодня.
Можно также предположить, что бризи являются другой ветвью развития или прародителями пони. Не знаю, на какой именно ступени развития бризи и пони отделились. Возможно, когда млекопитающие ещё только развивались, у бризи пошёл регресс к насекомым, а у пони - к более развитым существам. Стоит также заметить, что почти все существа сериала в той или иной мере разумны, так что возможно, общие предки всех таких существ уже издавна имели зачатки разума, возможно, магия и подталкивала природу к созданию способного управлять ей разума.