В смысле зачем две буквы "К"? А зачем в русском было три "И"? Две римские "К" берут начало от разных греческих букв. А зачем Z в латинском алфавите? Чтобы писать в заимствованиях. Буква "K" была почти вытеснена буквой "C", кстати, можно считать, что осталась только одна, а другую использовали при записи определенного количества слов. Если бы, например, в начале двадцатого века в русский заимствовали слово из греческого, ижицу туда бы вряд ли вставляли, уж скорее восьмеричное и, а ижица юзается в четко установленных случаях. Правда, К, если я верно помню, писалась в исконных латинских словах, а не в заимствованиях, но аналогия пусть будет все равно.
Восстанавливать звучание мертвого языка - работа трудная. С деталями я не знаком, т.к. не лингвист, но тут вроде как методы такие же, как и при выявлении подгона в лабе: сопоставляем потомков, эволюцию слов в языках других групп после заимствования (например, тот же Кайсар в греческом сохранил К), используем имеющиеся данные о фонетических смещениях в тот период. Есть смысл посмотреть на тексты каких-нибудь школоидов и посмотреть на их ошибки, описки.
К источникам можно придираться столько угодно, но, например, держи ссылку:
тык. Чтобы не обижать солидную часть населения, там даже сказало, что традиция прочтения а-ля итальянская тоже имеет право на существование. Правда, мне что-то кажется, что католическая церковь в лингвистике понимает значительно меньше самих лингвистов, но пусть читают, как хотят, раз привыкли.